Comme chez tous les organismes, certaines espèces de bryophytes sont fragiles du fait de leur rareté ou des menaces qui pèsent sur elles (destruction des habitats, pollution atmosphérique, du sol ou des eaux, récoltes abusives, etc.).
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En Suisse, l'ouvrage de référence utilisé pour connaître les espèces rares et/ou menacées est la Liste Rouge des bryophytes menacées en Suisse, publiée en 2004 par l'Office Fédéral de l’environnement, des forêts et du paysage (voir la bibliographie).
Environ 45 % des bryophytes en Suisse ont un statut dans la liste rouge.
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Riccia fluitans, une hépatique vulnérable en Suisse. On la trouve dans les étangs (Bois des Mouilles, Marais des Fontaines)
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Phaeoceros carolinianus, une anthocérote en danger d'extinction au niveau suisse.
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Fossombronia pusilla, une hépatique vulnérable en Suisse. Elle est pionnière des habitats régulièrement perturbés (champs, sentier en terre).
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